Nasceu em Fortaleza a 22 de Outubro de 1864, sendo seu pae o artista João José Baptista, mais conhecido por João Vicente.
Estudou os preparatorios no Lyceu do Ceará e transpor-tando-se para o Rio de Janeiro recebeu em 1886 o grau de Engenheiro Civil pela Escola Polytechnica.
Serviu como Engenheiro Fiscal da Est. de ferro Leopoldina, Engenheiro de 1.a classe da E. de F. Sul de Peruambuco, Engenheiro da Inspectoria das Estradas de Ferro e Engenheiro do Ministerio da Fazenda.
O Dr. Francisco Baptista é professor adjuncto da secção de mathematicas da Escola Preparatória e de Táctica do Realengo, cargo para que foi nomeado a 9 de Novembro de 1898.