Filho do Coronel Francisco Carvalho e Motta, que era tio do Coronel Pessoa Anta. Teve por irmãos Ricardo da Moita, João Porphirio da Motta, Antonio Zeferino da Motta, D.a Anna da Motta, que casou com Thomaz Ferreira, D.a Constantina da Motta, que casou com Manoel Antonio de Almeida, D.a Raymunda da Molía e D.a Candida da Motta Fortuna, que casou com o tabelhão José Tiburcio (Vide Manoel Gregorio d'Almeida Fortuna).
Francisco de Carvalho e Motta era irmão de Manoel Carvalho da Motta, D.a Joanna Pereira da Motta, que casou com Lourenço Ribeiro Borba, D.a Genoveva Maria de Jesus, que casou com Simão Rodrigues Maia, D.a Francisca de Brito Pessoa de Andrade, que casou com Thomaz Antonio Pessôa de Andrade (Vide Senador Francisco de Paula Pessôa) e D.a Catharina Maria de Jesus, que casou com João Nepomuceno Gaia, procedentes todos elles do casamento de João de Carvalho Motta, filho de José da Motta e de D.a Maria de Carvalho, com D.a Maria Pereira de Abreu.