Foi filho do Capitão-mor Domingos da Cunha Linhares, sobrinho do Cel Felix da Cunha Linhares, e de sua mulher D. Dyonisia Alves Linhares, irmã do Cel. Antonio Alves Linhares, de quem descende o Pe. Fortunato Linhares.
Domingos da C. Linhares era natural de Braga e possuía grandes fazendas de criar no Ceará e Rio Grande do Norte, onde se achava quando falleceu.
O Pe. Manoel Linhares, que, como seus irmãos mais moços Antonio Gonçalves e Domingos, também sacerdotes, nasceu na actual povoação de S. José, então fazenda do Cel. Felix, residiu por muito tempo em um dos povoados das praias, em Itapagé.
O Pe. Antonio Gonçalves foi grande proprietário dos sertões do Curiahu e por annos habitou em Viçosa. O Pe. Domingos ap chegar á casa paterna foi picado por uma cascavel, fallecendo antes de celebrar sua primeira missa.
O Cel. Felix da Cunha Linhares, acima citado, era natural de Braga e chegou ao Ceará pelas eras de 1679. Dos primeiros a se estabelecerem na Ribeira do Acarahu, foi o fundador da povoação de S. José distante de Sobral 2 l/2 léguas.