Filho de Antônio Fernandes da Silva Tavora e D.a Idalina Alves de Lima, nasceu a 17 de Outubro de 1851 na fazenda Caranguejo á margem direita do rio Jaguaribe, duas léguas acima da villa de Jaguaribe-mirim, pertencente então á freguezia do Riacho do Sangue. Descende pelo lado paterno de duas famílias portuguesas — Fernandes da Silva, do Porto, e Tavora, de Lisboa, e pelo lado materno da familia Vidal de Negreiros, um de cujos membros veio habitar no Ceará.
Desde muito joven mostrou decidido gosto pelas letras e pela carreira ecclesiastica. Fez os estudos primários na escola, que na própria casa paterna fundara o português Victorino, conhecido educador nos centros da Província, homem austero, intelligente, preparado e de costumes irreprehensiveis, já fallecido e a quem a tradição apontou sempre como um religioso regular foragido da pátria.
Matriculou-se no Seminário Episcopal de Fortaleza em 1869, contando então 18 annos de edade.
Cursava ainda esse estabelecimento quando encetou as luctas pela imprensa escrevendo para alguns jornaes catholicos, sustentando polemicas religiosas. Datam dessa epocha o apparecimento de seu nome fora dos estreitos muros do Seminário e as relações, que conseguiu travar com Cândido Mendes, Monsenhor Brito, Tristão de Alencar e vários outros vultos proeminentes do paiz.
Recebeu a 30 de Novembro de 1876 a Tonsura; em egual data no anno seguinte, as ordens menores; a 24 de Novembro de 1878 o subdiaconato; a 30 do mesmo mez e anno o diaconato e finalmente, a 30 de Novembro de 1879 o presbyterato, ordens todas estas conferidas por D. Luiz Antônio dos Santos.
Cantou a sua primeira missa a 20 de Dezembro da-quelle anno na Matriz de N.a S.a das Candeias em Jaguaribe-mirim, em cuja freguezia foi provido como parocho encommendado no anno seguinte, commissão que desempenhou até Outubro de 1883 quando foi removido para a freguezia do Crato, parochiando-a até Dezembro de 1891.
Simples cursista de Theologia, aproveitou o tempo das ferias para fazer repetidas conferências de instrucção religiosa na residência de seu avô Antônio Alves da Paz, na referida fazenda Caranguejo, sendo escutado sempre por numeroso auditório de fieis.
Entrando para a vida pratica nunca abandonou os livros empregando na leitura delle todo tempo disponível dos seus afanozos deveres parochiaes.
Teve sempre o maior empenho em diffundir a instrucção. Fundou em Jaguaribe-mirim um collegio, que prestou relevantes serviços á mocidade. Cuidou com todo zelo em encarreirar os seus quatro irmãos menores Manoel, Carloto, Elysiarioe Belisario, os quaes depois de iniciarem os estudos secundários naquelle collegio foram seguidamente matriculados no Seminário de Fortaleza, em 1881, 1882 e 1883, sendo que o primeiro, mezes depois, abandonou totalmente os estudos e os dous últimos deixaram o Seminário, formando-se em Direito, só se ordenando o segundo. Particularmente dirigia também um curso em que estudavam suas irmãs.
Uma difficuldade insupperavel antepunha-se. ao proseguimento dos estudos dos seus irmãos. Acabara a terrível secca de 1877 a 1879 e com ella alguma fortuna que legara-lhe e á sua mãe e irmãos o seu tionrado progenitor. Não desanimou todavia. Emquanto esteve em Jaguaribe-mirim, não poude pagar um trimestre sequer pelos seus estudantes, o que só conseguiu depois de se achar algum tempo no Crato e isto mesmo custando-lhe empréstimos com juros pesados, facto que mais tarde, quando deputado provincial, foi allegado por um seu adversário.
Aquella freguezia produzia parca remuneração pecuniária que nem mesmo chegava para a subsistência da numerosa familia, composta da mãe, irmãos e sobrinhos, desde então a seu cargo exclusivo.
Por esse tempo escreveu uma obra O velho Tavora, que daria grosso volume, recapitulando a vida de um seu parente, Manoel Peixoto da Silva Tavora, conhecido por Peixotão e sobre quem ainda hoje a tradição borda os mais extraordinários episódios pintando-o como homem de força hercúlea e... comedor.
Essa obra, que por falta de recursos do autor deixou de ser publicada desde logo, estava nos archivos d'O Apóstolo quando este foi incendiado completamente em Março de 1897.
Escreveu também vários dramas catholicos entre os quaes Lázaro e o rico avarento, José e seus irmãos no Egypto e Emigração para o Amazonas.
Um dos seus primeiros cuidados em chegando ao Crato foi auxiliar a creação de um collegio de educação.
Dessas suas disposições de espirito foi que nasceu o Collegio S. Thomaz de Aquino, fundado por um seu parente, Francisco Thomaz de Souza Peixoto.
Quando parocho no Crato, encarregou-o D. José de Barros, então Bispo de Olinda, de curar as freguezias do Exú, Granito e Leopoldina, do outro lado da serra do Araripe.
Instado para militar na política activa, Monsenhor Fernandes foi deputado provincial de 1886 a 1889 e no novo regimen senador estadoal na l.a legislatura de 1891. Os annaes da nossa Assembléa encerram muitos e bellos discursos seus, como por exemplo o que pronunciou fazendo o elogio de José Bonifácio por occasião da morte desse estadista e poeta.
Dada a contra revolução de 23 de Novembro de 1891, collocou-se ao lado do Governador General José Clarindo de de Queiroz a quem acompanhou ao Rio de Janeiro após o movimento levado a effeito a 17 de Fevereiro de 1892.
Um mez depois que chegou á Capital Federal, publicou pelas columnas do Combate um manifesto político dando conta dos successos de que acabava de ser testemunha o Ceará. Continuou a collaborar nessa folha publicando artigos de propaganda francamente de combate contra o governo do Marechal Floriano, sendo o ultimo delles publicado no dia 10 de Abril de 1892, estando o seu nome na lista dos que deveriam ser presos e desterrados, acto que, todavia, não foi levado a effeito.
Esses artigos e o “Manifesto” foram colleccionados pela redacção do Correio do Cariry, que os reimprimiu sob o titulo Senador Padre Fernandes e Escriptos Políticos, e os distribuiu largamente.
Precedia-os uma encomiastica apresentação, devida á hábil penna do Dr. J. B. de Siqueira Cavalcante.
Ainda em Abril de 1892 foi nomeado vigário de Cachoeira de Itapemirim, do então bispado do Rio de Janeiro, no Estado do Espirito Santo.
Exerceu essa commissão até Junho do anno seguinte, quando foi transferido para a importante parochia de Vassouras, no Estado do Rio, logar que deixou a pedido seis mezes mais tarde, indo residir temporariamente em Juiz de Fora, no Estado de Minas Geraes.
Em 1894 acompanhou D.José Lourenço da Costa Aguiar, 1.° Bispo do Amazonas, e de quem foi o braço direito na organisação da nova diocese, sendo nomeado Conego da Cathedral de Manáos a 8 de Dezembro desse anno.
Acompanhou-o ainda na qualidade de Secretario particular em differentes visitas nos rios Solimões, Purús, Madeira, Negro, etc, fazendo das suas viagens minuciosas descripções, que publicou a um só tempo em fôrma de correspondências na Verdade, e Apóstolo, jornaes catholicos vindos a lume em Fortaleza e no Rio de janeiro.
Em 1896 fez rápida visita ao Ceará e de volta seguiu com o Bispo do Amazonas para Roma, fazendo a viagem ad limina Apostolorum, e permanecendo na Capital da Christandade por espaço de dous annos.
Matriculado na Universidade S. Apollinaria, conquistou successivamante nas matérias de direito civil e canonico os graus de Licenciado, Bacharel e Doutor in utroque jure.
Terminado o curso, matriculou-se na Academia dos Nobres á qual difficilmente são admittidos extrangeiros, e estudou a sciencia da Diplomacia e Tratados. Ao deixar a Academia em 1899, foi nomeado pelo Papa Leão XIII seu Camareiro secreto com honras de Monsenhor.
Durante sua permanência em Roma escreveu para differentes jornaes religiosos da Itália e Portugal.
A mocidade catholica deste ultimo paiz encarregou-o de defendel-a contra os ataques, que lhe dirigiram alguns exaltados insuflando os governos europeos a não consentirem na vida das Universidades Christãs.
Collaborou na Revista “Italo-Brasiliana”, publicando em italiano vários artigos, entre os quaes alguns de propaganda em favor da emigração para o Espirito Santo, Amazonas e Pará.
De volta ao Brasil, habilitou-se perante o tribunal da Relação de Manáos para o exercício da advocacia no Estado.
Foi um dos redactores da Vanguarda na sua phase neutra bem como do Correio do Cariry, jornaes do Crato, escreveu interessantes correspondências sob o pseudonymo Phocion para o Jornal do Amazonas, de Manáos, e a Ordem, de Sobral, e foi um dos collaboradores do Cachoeirano salientando-se dentre os seus escriptos alguns artigos de propaganda em favor da colonisação do Espirito Santo e da creação de um bispado alli.
Collaborou ainda no Século de Baturité, no Vassourense, da cidade de Vassouras, no Norte e Constituição de Fortaleza, publicando neste ultimo resumos de uma longa e importante serie de conferências, que realisou na Egreja do S. Coração de Jesus.