Filho do Tenente-Coronel Ignacio Gomes da Frota e natural de Sant’Anna. Ordenou-se no Seminário de Olinda.
Foi vigário collado do Icó e de Fortaleza por troca, que fez com o Pe. Carlos de Alencar.
Num reservado do presidente José Bento sobre as pessoas, que mais serviços prestaram por occasião da epidemia do cholera em 1862, se lê a seguinte referencia: — Padre Miguel Francisco da Frota Vigário collado da Parochia do Icó. É sacerdote idoso, de bons costumes, e respeitável por muitos títulos. Prestou grandes serviços na administração dos Sacramentos em sua Freguezia dia e noite; e quando passou a tormenta no Icó e rebentou na Villa da Telha distante 10 léguas e abandonada do Vigário e Coadjutor, o Padre Frota correu voluntariamente a soccorrer os habitantes daquella Freguezia, que estavam morrendo sem os recursos espirítuaes. A Commissão da Telha em officio ao Governo e o Bispo Diocesano tecem elogios ao zelo e dedicação do Vigário Frota. Merece a Insígnia de Cavalleiro de Christo ou de Official da Rosa, se já tiver aquella condecoração.
Sendo um dia chamado a ouvir de confissão a um preso das cadeias de Fortaleza, este lhe referiu que, homem rico nos sertões da Bahia, travara rixas com potentados seis visinhos e antes de abandonar o logar de suas luctas escondera grandes riquezas em um determinado sítio e pediu-lhe que as fizesse descobrir, assentando-se entre os dous os respectivos quinhões; o Padre, sem previa consulta aos seus superiores, abandonou a vigararia, deixou crescer a barba e lá se foi por terra para a Bahia á cata do illusorio thesouro; chegado ao sitio indicado ahi arranchou-se e pela madrugada de um dia foi encontrado sem vida, victima de uns italianos; ladrões, que o suppunham algum forasteiro dinheiroso.
O Rvd. Miguel Frota era tio do actual arcebispo da Bahia D. Jeronymo Thomé e do Rvd. Pe Frota.