Neto do Com.or João Thomé da Silva e do C.el José Saboya e filho do Juiz de Direito Dr. José Thomé da Silva e D.a Anna Figueira de Saboya e Silva, nasceu em Sobral a 4 de Agosto de 1870.
Estudou português, francês e latim com o professor Vicente de Arruda, e transportando-se para Recife fez os exames de preparatórios exigidos para a matricula no curso annexo á Escola Polyteclmica do Rio de Janeiro, para o qual entrou em começo de 1886.
Ao mesmo tempo que frequentava a Escola exercia o logar de praticante na Administração Geral dos Correios.
Formado em Engenharia em 1891, empregou-se na Estrada de Ferro de S. Paulo, e em 1893 como chefe do trafego da Estrada de Ferro de Sobral.
Deliberando o governo arrendar algumas das Estradas de Ferro da União, o Dr. João Thomé chamou o si o arrendamento da de Sobral em 1897 e o que tem sido sua administração honesta e patriótica, e útil aos seus concidadãos proclama com justiça a voz publica.
Conhecedor das vantagens a advirem ao Ceará com o prolongamento dessa linha pelos sertões Piauhyenses o Dr. J. Thomé acaba de contractar com. o governo seu prolongamento até Cratheús.
Por occasião de sua chegada do Rio de Janeiro destribuiu-se em Camocim uma bonita Polyanthea com seu nome (19 de Janeiro de 1908).