Nasceu em Maranguape a 14 de Fevereiro de 1881, sendo seus paes Miguel Joaquim da Motta, nascido a 29 de Setembro de 1854 na Serra Grande, termo do Ipú, e fallecido em Fortaleza em Outubro de 1911, e D.a Maria Cavalcante da Motta.
Avós paternos Vicente da Rocha Motta, fallecido a 21 de Dezembro de 1876, e D.a Maria C&roüna da Silva, fallecida a 22 de Abril de 1858; avós maternos José de Sá Cavalcante e D.a Florinda Pontes de Sá.
Bisavós paternos Tenente-coronel José da Rocha Motta e D.a Januaria da Rocha Motta e João Rodrigues da Silva, fallecido em 1848 e D.a Francisca Rodrigues da Silva, fallecida em 1861.
Bisavós maternos José Cavalcante de Sá e D.a Maria C. de Sá Cavalcante e José de Pontes d'Aguiar Pimenta e D.a Felicia F. de Aguiar.
Depois de ter feito os estudos preparatórios no Estado natal, José Thompson matriculou-se na Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro e perante élla defendeu theses a 7 de Fevereiro de 1906, versando sua dissertação sobre Contribuição ao Estudo do valor semiológico do Signal de Westhphal.
Fallecido o pae, retirou-se com a família de muda para o Rio de Janeiro.